Cuadros de anotaciones
Un cuadro de anotaciones (o selecciones en la terminología de Raven y warbleR) es una hoja de calculo que contiene información sobre la localización en el tiempo (y la frecuencia) de los sonidos de interés en uno o mas archivos de sonido. Por tanto, el cuadro de anotaciones básico debería contener al menos 3 columnas:
| sound.files | start | end |
|---|---|---|
| sound_file_1.wav | 3.96 | 6.71 |
| sound_file_1.wav | 2.36 | 2.42 |
| sound_file_2.wav | 4.30 | 5.01 |
| sound_file_2.wav | 3.68 | 4.63 |
Idealmente deberíamos incluir también el rango de frecuencias de las anotaciones:
| sound.files | start | end | bottom.freq | top.freq |
|---|---|---|---|---|
| sound_file_1.wav | 3.96 | 6.71 | 5.11 | 8.10 |
| sound_file_1.wav | 2.36 | 2.42 | 5.44 | 10.18 |
| sound_file_2.wav | 4.30 | 5.01 | 3.83 | 8.97 |
| sound_file_2.wav | 3.68 | 4.63 | 2.54 | 9.96 |
.. y un identificador único (al menos dentro de cada archivo de sonido) para cada anotación:
| sound.files | selec | start | end | bottom.freq | top.freq |
|---|---|---|---|---|---|
| sound_file_1.wav | 1 | 3.96 | 6.71 | 5.11 | 8.10 |
| sound_file_1.wav | 2 | 2.36 | 2.42 | 5.44 | 10.18 |
| sound_file_2.wav | 1 | 4.30 | 5.01 | 3.83 | 8.97 |
| sound_file_2.wav | 2 | 3.68 | 4.63 | 2.54 | 9.96 |
Por ultimo, para archivos de sonido con múltiples canales, los cuadros de anotaciones deberían indicar en que canal se encuentra el sonido de interés:
| sound.files | channel | selec | start | end | bottom.freq | top.freq |
|---|---|---|---|---|---|---|
| sound_file_1.wav | 1 | 1 | 3.96 | 6.71 | 5.11 | 8.10 |
| sound_file_1.wav | 1 | 2 | 2.36 | 2.42 | 5.44 | 10.18 |
| sound_file_2.wav | 1 | 1 | 4.30 | 5.01 | 3.83 | 8.97 |
| sound_file_2.wav | 1 | 2 | 3.68 | 4.63 | 2.54 | 9.96 |
Este formato, con los mismos nombres de columnas en el ejemplo anterior, es el que utiliza el paquete warbleR como objeto de datos básico para trabajar sobre lotes de sonidos (“batches”). Las columnas obligatorias son “sound.files”, “selec”, “start”, y “end”. Las columnas de rango de frecuencia (“bottom.freq” y “top.freq”) y el numero de canal (“channel”) son opcionales.
Los cuadros de anotaciones pueden ser generados dentro de R, o importados de programas de análisis de sonidos (principalmente, Raven, Avisoft, Syrinx y Audacity).
Manualoc
Para generar anotaciones dentro de R (i.e. anotar sonidos) podemos usar la función manualoc() del paquete warbleR. La función muestra el espectrograma de los archivos de sonido que se encuentran en el directorio de trabajo (uno a la vez) en la ventana gráfica de R y despliega unos “botones” en el margen derecho de la ventana con varias opciones:
library(warbleR)
setwd(tempdir())
# save wav file examples
data(list = c("Phae.long1", "Phae.long2", "Phae.long3", "Phae.long4"))
writeWave(Phae.long1,"Phae.long1.wav")
writeWave(Phae.long2,"Phae.long2.wav")
writeWave(Phae.long3,"Phae.long3.wav")
writeWave(Phae.long4,"Phae.long4.wav")
manualoc(wl = 300)
Se puede hacer acercamientos haciendo click al lado izquierdo y luego al lado derecho del área de interés:
Podemos hacer anotaciones (i.e. seleccionar sonidos) haciendo click al lado derecho y luego al lado izquierdo del área de interés:
Las anotaciones son guardadas en un archivo .csv (“manualoc_output.csv”) en la carpeta donde se encuentran los archivos de sonido.
manualoc puede ser muy lento con archivos de sonido de larga duración (varios minutos)
Audacity
Audacity es un programa de acceso libre que permite manipular archivos de sonido. Se puede descargar en este enlace.
Audacity es bastante rígido para crear cuadros de anotaciones, aunque puede ser útil para anotar grabaciones largas. Los archivos de texto generados por Audacity pueden ser importados a R usando la función read.table().
Rraven
El paquete Rraven esta detallado en este enlace.