20 04 2016

Métodos gráficos para datos comparativos

  • Importante en exploración de datos
  • Forma compacta (y elegante) de presentar datos
  • Sin embargo poco desarrollada en ACF
  • phytools* permite visualizar diferentes datos comparativos sobre filogenias

*Revell LJ (2012) Phytools: an R package for phylogenetic comparative biology (and other things). Methods Ecol Evol 3: 217-223

Objectos clase "phylo" (árboles)

library(phytools)
library(ape)

ermi <- read.tree("http://marceloarayasalas.weebly.com/uploads/2/5/5/2/25524573/ermitanos.tre")

str(ermi)

Objectos clase "phylo" (árboles)

## List of 4
##  $ edge       : int [1:58, 1:2] 31 32 32 31 33 33 34 35 36 36 ...
##  $ Nnode      : int 29
##  $ tip.label  : chr [1:30] "Eutoxeres_aquila" "Eutoxeres_condamini" "Ramphodon_naevius" "Threnetes_ruckeri" ...
##  $ edge.length: num [1:58] 5.99 13.6 13.6 4.7 14.89 ...
##  - attr(*, "class")= chr "phylo"
##  - attr(*, "order")= chr "cladewise"

Objectos clase "phylo" (árboles)

#modificar margenes
par(mfcol=c(1,2))

#horizontal de izq a der
plotTree(ermi,mar=rep(0,4))

#abanico
plotTree(ermi,type="fan",mar=rep(0,4), fsize = 0.5)

Objectos clase "phylo" (árboles)

Valor actual de rasgos continuos

#modificar margenes
par(mfcol=c(1,1))

ras.contMB<-fastBM(ermi, sig2=0.5, internal=F)

dotTree(ermi, ras.contMB)

Valor actual de rasgos continuos

Valor actual de rasgos continuos

ras.contMB2<-fastBM(ermi, sig2=0.5, internal=F)
ras.contOU<-fastBM(ermi, alpha=0.2,sig2=0.5, internal=F)

ras.conts <- cbind(ras.contMB, ras.contMB2, ras.contOU)

dotTree(ermi, ras.conts)

Valor actual de rasgos continuos

## Warning: alpha but not theta specified in OU model, setting theta to a.

Valor actual de rasgos continuos-Mapa de calor (Heatmap)

phylo.heatmap(ermi,ras.conts,standardize=TRUE,lwd=3,
    pts=FALSE, fsize = c(1,0.5,1))

Valor actual de rasgos continuos-Mapa de calor (Heatmap)